Архимандрит Симеон (Холмогоров) еще будучи студентом, стал духовным чадом и учеником старца схиархимандрита Гавриила (в бытность его наместником Седмиезерной пустыни) и принял по благословению старца иноческий постриг с именем Симеона Верхотурского. С 4 ноября 1906 года – ректор Тамбовской Духовной семинарии. 7 апреля 1907 года, во время студенческих волнений, стал жертвой покушения революционно настроенных семинаристов. Попавшая в поясной позвонок пуля на всю оставшуюся жизнь приковала отца Симеона к постели и инвалидной коляске.
Во время тяжелого заболевания, когда он был несколько дней на грани жизни и смерти, находился в Пскове в госпитале Великой княгини Марии Павловны (племянницы Великой княгини Елисаветы Феодоровны). По воспоминаниям Марии Павловны, «дал внутренний смысл и красоту духовной вере и учению, которые были прежде для меня пустым звуком… Эта дружба глубоко запечатлелась во мне и повлияла на всю мою будущую жизнь».
В 1915 году, после смерти старца Гавриила, отец Симеон поселился в Сергиеве в Свято-Троицкой Сергиевой лавре с владыкой Феодором, ректором Московской Духовной академии. 1 мая 1917 года, вслед за владыкой Феодором, он перешел в Московский Свято-Даниилов монастырь.
Из воспоминаний: «Отец Симеон был очень благостным, добрым, ласковым, мудрым, терпеливым. Дети очень любили подходить к Батюшке под благословение… Пел прекрасным басом во время службы на клиросе. Здесь у него появились духовные чада, которых он всегда принимал очень приветливо, несмотря на мучительнейшие боли. Был очень скромен и никогда не жаловался. Отец Симеон был одним из самых опытных духовников монастыря».
Отец Симеон унаследовал от своего духовного отца прп.Гавриила дар старчества, любви и утешения. После смерти старца некоторые духовные чада перешли к отцу Симеону, по болезни он не мог принять многих.
29 декабря 1936 года отец Симеон был арестован сотрудниками НКВД вместе со своими келейниками монахом Михаилом (Карелиным), монахиней Серафимой (Виноградской) и послушницей Александрой Туловской.
Вот воспоминания отца Михаила (Карелина): «Нас с Батюшкой посадили в одну камеру. Через сутки пришел служитель и велел мне собираться с вещами, сказав, что я больше сюда не вернусь. Я оставлял отца Симеона одного, беспомощного. А Батюшке и пошевелиться было трудно. Когда приходилось с большой осторожностью усаживать его, Батюшка бывало скажет: «Тише, тише, такая боль… как если бы камни положили в нутро, и они трутся друг о друга»… Поклонился ему в ножки (если только можно так сказать, потому что Батюшка лежал):
– Благословите, Батюшка, простите…
Отец Симеон благословил меня и сказал:
– Бог тебя простит… Ну вот, мы теперь навсегда расстаемся, больше не увидимся, – ответил он. – Вот тебе мое последнее слово: я здесь в тюрьме умру, а ты вернешься и еще многое увидишь… Эти слова были пророческими…»
9 сентября 1937 года схиархимандрит Даниил (Холмогоров) был расстрелян в Ивановской тюрьме. Похоронен на городском кладбище «Балино».
В 1981 году причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских Русской Православной Церковью Заграницей как преподобномученик.