28 мая 2000 г., в день памяти преподобного Евфросина, в монастыре прошла архиерейская служба. Этот день считается датой возрождения древнего Спасо-Елеазарова монастыря.
25 августа 2000 г. по благословению приснопамятного Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II монахиня Елисавета была назначена настоятельницей Спасо-Елеазаровского женского монастыря.
В 2005 г. монахиня Елисавета была возведена в сан игумении, приняли пострижение 8 монахинь. В 2005 г. завершение восстановления братского корпуса 1904 года. 10 августа 2005 г. Владыка Евсевий служил чин освящения колоколов на восстановленной звоннице.
Мир, невежественный и бездуховный, отверг идею Старца Филофея, похоронил ее, умалил значение Спасо-Елеазаровской обители и ее старцев, но духовная лампада продолжала гореть. Она не может погаснуть, потому что ее огонь — огонь Жизни Вечной. Она горит святостью тех подвижников, которые обретаются на этом месте. На острове Залита (Талабск), который расположен в Псковском озере напротив Спасо-Елеазаровского монастыря, четыре десятилетия жил отец Николай Гурьянов. Он молился о восстановлении обители, он был хранителем Цареградской иконы Божией Матери, которая прежде находилась в обители преподобного Евфросина. Та дорожка, по которой батюшка ходил с трепетом и благоговением, называется дорогой Спасителя, по ней приносили из монастыря на остров чудотворную икону Спасителя.
Батюшка Николай Гурьянов был и остается хранителем монастыря и носителем Божией благодати, освятившей эти места. Его жизнь позволяет представить, какой дух был у Елеазаровской обители, потому что он — продолжение ее. Сподвижник отца Николая — протоиерей Борис Николаев, богослов и молитвенник, — пятьдесят лет жил рядом с Елеазарово. Он был связан с преподобным Гавриилом (Зыряновым) через своих духовных наставниц — монахинь Иоанно-Предтеченского монастыря, которые окормлялись у елеазаровского старца. Многие годы отец Борис духовно наставлял насельниц обители святого Евфросина с первых дней ее восстановления.
До восстановления ансамбль монастыря, объявленный памятником архитектуры республиканского значения, состоял из полуразрушенного Трехсвятительского собора (2 пол. XVI — нач. XIX вв.), братского корпуса (1904 г.), остатков каменной ограды.
Уникальная монастырская колокольня (XVI в.), не имеющая аналогов в псковской архитектуре, рухнула в мае 1989 года.
Колокольня Трехсвятительского Собора была одной из первых колоколен на Псковщине, где прежде строили звонницы или «храмы под колоколы». Елеазаровскую колокольню называли «византийской свечой». Она была шестигранная, причем пять граней — одинаковые, а шестая — большего размера. Ее разрушение привлекло внимание общественности к состоянию оставшихся к тому времени из всех монастырских зданий.
К министру культуры России Е.Ю.Сидорову с открытым письмом через средства массовой информации обратился академик Д.С.Лихачев. Он писал,что неоднократно пытался привлечь внимание министерств культуры СССР и России к состоянию исторических и архитектурных памятников Пскова, просил выделять средства на их реставрацию. При этом указывал на особенное бедственное состояние двух их них — соборов Крыпецкого и Елеазаровского монастырей.
Из федерального бюджета были выделены средства на консервацию собора. По зданию гендирекции «Псковреконструкция» реставраторы из ООО «Смородин и К» сделали стяжки и укрепили колонны, устроили дренажную систему вокруг собора, потолок, кровлю, главки, печи, вычинили бетонные полы и стены.
Тогда же был поднят вопрос о передаче монастыря Русской Православной Церкви. В июне 1998 года начался сбор подписей за открытие Спасо-Елеазаровского монастыря. 10 августа 1999 года в газете «Новости Пскова» опубликовали Обращение священнослужителей и деятелей науки и культуры к главе Администрации Псковского района Е.К.Иванову.
В 2000 г. монастырь был передан Русской Православной Церкви. По благословению архиепископа (ныне митрополита) Псковского и Великолукского Евсевия в древней обители был открыт женский монастырь.
28 мая 2000 г., в день памяти преподобного Евфросина, в монастыре прошла архиерейская служба. Этот день считается датой возрождения древнего Спасо-Елеазарова монастыря.
Возвращение Спасо-Елеазаровского монастыря состоялось в день, когда чествуется византийская святыня — икона Божией Матери «Живоносный источник». Эта обитель, действительно, живой источник Божией благодати. Спасо-Елеазаровский монастырь — символ возрождения Третьего Рима — нашего Отечества. Вместе с ней будет подниматься и Россия.
Молитвами Высокопреосвященнейшего Евсевия, архиепископа Псковского и Великолукского, возрождалась Спасо-Елеазаровская обитель. Во главе ее была поставлена монахиня Елисавета (Беляева), воспитанница старцев Троице-Сергиевой Лавры и стариц Дивеевской обители.
28 мая 2000 года, Татьяна Ивановна Беляева, будущая монахиня Елисавета, приняла иноческий постриг в честь преподобномученицы княгини Елисаветы и поступила в число сестер Спасо-Елеазаровской женской обители. 17 июля того же года инокиня Елисавета принимает монашеский постриг в честь той же святой, а 25 августа 2000 года по благословению приснопамятного Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II монахиня Елисавета была назначена настоятельницей Спасо-Елеазаровского женского монастыря. В 2005 году монахиня Елисавета была возведена в сан игумении.
На протяжении десяти лет (2000-2010) игумения Елисавета (Беляева) отдавала все силы на возрождение некогда порушенной и поруганной Елеазаровской обители. 4 июня 2010 года после тяжелой и продолжительной болезни игумения Елисавета (Беляева) скончалась в Москве. 6 июня 2010 года новопреставленная была похоронена в Спасо-Елеазаровском монастыре.