Со временем слава Спасо-Елеазаровской обители стала умаляться, и из сознания русского народа исчезло чувство ответственности за судьбу человечества. Россия уже не мыслилась как Третий Рим и сама эта теория была осмеяна и извращена светскими историками. Но Сам Спаситель взял ее под Свой покров. При издании духовных штатов в 1764 году оставлен на своем содержании.
В 1766 году в него переведена братия упраздненного Великопустынского Преображенского монастыря, почему обители также присвоено название Великопустынской и Спасской. В монастырском храме был освящен престол в честь Преображения Господня, и сюда были перенесены святыни Великопустынской обители. Тогда же в монастырь была передана чудотворная икона, получившая впоследствии название «Спас Елеазаровский».
В 1804 году в Елеазаровскую обитель было переведено братство упраздненного Снетогорского монастыря.
В 1813 году монастырь был возведен во 2-й класс, каковым оставался до конца Синодального периода.
С 1884 года при монастыре действовала богадельня.
До 1906 года именовался: Спасо-Елеазаров-Великопустынский-Трехсвятительский мужской, 2-го класса; в 1906 году преобразован в общежительную пустынь (Спасо-Елеазарова пустынь). Это произошло во время настоятельства игумена Ювеналия (Масловского).
Главным его делами стали благоустроение церковного богослужения, введение старчества и умножение братства. В церковном богослужении он завел благолепие, порядок, чинность и особое пустынное пение Глинской пустыни.
По приглашению о. Иувеналия в 1908 году на покой в Спасо-Елеазарову пустынь был переведен схиархимандрит Гавриил, ученик оптинских старцев. Среди духовных чад старца была Великая княгиня Елисавета Феодоровна, прославленная ныне как новомученица. Она неоднократно посещала монастырь и принимала активное участие в его устроении и украшении.
В 1910 году сюда поступила часть братии Глинской пустыни, славной своим старчеством, общежительным житием и особым уставом, который и был положен вместе с уставом преподобного Евфросина в основу по-новому устроенному Елеазаровой пустыни. При этом внимание преобразователя было направлено главным образом на внутреннее обновление обители, на воспитание в сердцах братии истинного аскетизма, согласно монашеским обетам и заветам его святых основателей.
Благодаря введению общежития, обитель получила возможность вместо прежних двух десятков содержать в своих стенах до сотни насельников. Согласно монастырскому уставу каждый из братии должен был нести послушание, и все работы, даже самые черные, в монастыре выполнялись самими насельниками. Для хозяйственных нужд в обители были заведены портняжные, сапожные, столярные мастерские, имелись свои маляры, штукатуры и т.п. Была устроена иконописная мастерская. Все хозяйственные потребности монастырь мог удовлетворить собственными силами и средствами.
Ежегодно, на праздник апостолов Петра и Павла, 29 и 30 июня по ст. стилю (12 и 13 по н.ст.) с иконой Спасителя совершался крестный ход из монастыря по водам Псковского озера на остров Талабск, а затем на остров Верный в монастырь Петра и Павла. Традиция проведения крестного хода продолжалась до 50-х годов XX века.
К 1917 году в Спасо-Елеазаровом монастыре было 18 монашествующих, 15 послушников; земельные угодья составляли 338 десятин.
В 1918 году гибнет Царская семья, происходит отступление от веры, и в том же году закрывается Спасо-Елеазаровская обитель, монахи вывозятся на подводах в сторону Петрограда и там принимают мученическую смерть. С падением империи Третьего Рима уничтожается и то место, откуда прозвучало пророчество о священной миссии России, монастырь закрывается и разоряется.
Еще весной 1920 года действовал монастырский храм, откуда трижды вывозилась церковная утварь «в помощь голодающим Поволжья». Летом того же года на территории монастыря открыли сначала институт, из которого профессора и учащиеся почти сразу же перебрались в Петроград. Затем власти попытались организовать образцово-показательное сельхозпроизводство; несколько месяцев понадобилось, чтобы созданное трудом монахов пошло прахом. Поочередно в Елеазаровской обители открывались Народный дом, дом дефективных детей, детский туберкулезный санаторий и база отдыха. До 1999 года на территории монастыря располагались детский спортивный лагерь «Щит» и жилой комплекс. От более чем двадцати строений остались только соборный храм и двухэтажный братский корпус.